Początki historii młynów sięgają czasów krzyżackich. W średniowiecznych kronikach z 1283 roku pojawiła się pierwsza wzmianka o istnieniu na tym terenie młyna wodnego. By usprawnić jego działanie wykopano specjalny kanał młyński, który zachował się do dzisiaj.
W 1871 roku młyn nabył bogaty kupiec Franciszek Wiechert. Interes kwitł, więc Wiechert rozbudował swoje przedsiębiorstwo, powiększając je o m.in bogato ornamentowany neorenesansowy pałac z 1880 roku – siedzibę rodu. Założona przez niego firma słynęła z wyrobów doskonałej jakości, docenianej nie tylko na polskim, ale i zagranicznym rynku.
Franciszek Wiechert zwiększył wydajność produkcyjną młynów oraz zmodernizowali park maszynowy. W 1928 r. uruchomiono łuszczarnię ryżu. W 1930 r. Wiechert opatentował wypiek szczególnie zdrowego chleba razowego nazywanego „Pumpernickel”. W latach 20. przy Młynach wybudowano elektrownię. Zamontowana turbina wodna produkowała prąd zarówno na potrzeby zakładu, jak i całego miasta, powiatu starogardzkiego oraz Pelplina, Tczewa i część powiatu malborskiego.
W latach powojennych mienie poniemieckie zostało znacjonalizowane. Zakłady Zbożowo – Młynarskie były administrowane przez Polaków. Po sprywatyzowaniu, Młyny zaczęły niszczeć, podupadać i powoli obracać się w ruinę. Opuszczony zakład ograbiali złomiarze. W maju 2013 roku i w marcu 2016 roku wybuchły w nim ogromne pożary, które zniszczyły część zabudowań.
Zabytkowe ruiny doczekały się jednak nowego właściciela, który ma w planach zabudowę mieszkaniowo-usługową. Deklaruje jednak, że chciałby zachować charakter tego wyjątkowego miejsca.